Die moderne Freimaurerei kam ab 1737 auch nach Deutschland. Anders als in England und Frankreich war Deutschland kein Zentralstaat, sondern ein Staatenbund von über 300 Klein- und Mittelstaaten. Auf diesem deutschen „Flickenteppich“ entwickelten sich die freimaurerischen Organisationen sehr unterschiedlich.  

In Preußen, dem größten Staat innerhalb des sogenannten „Heiligen Römischen Reiches Deutscher Nationen“, entstanden drei Großlogen, die sogenannten altpreußischen Großlogen. Die älteste ist die Große National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“ (GNML), die 1740 gegründet wurde.  

Neben dieser Großloge existierten in Preußen noch die „Große Landesloge der Freimaurer von Deutschland“ (GLL FvD), die im Jahr 1770 gegründet wurde und die „Große Loge Royal York zur Freundschaft“.  

Die GNML und die GLL FvD arbeiten auch heute noch als reguläre Großlogen unter dem Dach der VGLvD. 

Auch in anderen Ländern des Deutschen Reiches entstanden Großlogen. So entstand zum Beispiel in Sachsen die „Große Landesloge von Sachsen“ und in Bayern die Großloge „Zur Sonne“. Einige dieser Großlogen gründeten nach 1893 auch eigene Großlogen auf preußischem Gebiet. So beispielsweise die „Große Loge von Hamburg“.  

Schon um 1800 trug man sich in der deutschen Freimaurerei mit dem Gedanken, alle Großlogen zu einer einzigen Großloge zusammenzuschließen. Ab 1877 tauchte dann in diesem Zusammenhang der Begriff „Vereinigte Großloge von Deutschland“ (Singular) auf.  

War man im 19. Jahrhundert um die Einigung bemüht, scheiterte sie aber immer wieder am Partikularismus, also dem Bestreben eigene Interessen über das Gesamtinteresse zu stellen, der einzelnen deutschen Großlogen. Eine „Vereinigte Großloge von Deutschland“ blieb daher ein unerfüllter Traum.  

Bis 1933 existierten insgesamt zehn Großlogen nebeneinander. Mit der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933, begann für die Freimaurerei in Deutschland die „Dunkle Zeit“. Die Freimaurerei wurde in Deutschland zerschlagen und die Großlogen aufgelöst.  

Nach Kriegsende 1945 und der Teilung Deutschlands wurden in der Westzone und Berlin schnell wieder einzelne Logen wiederbelebt oder neugegründet. In der sowjetischen Zone und später in der DDR war an ein Wiederaufleben der Freimaurerei nicht zu denken.  

Am 19. Juni 1949 schlossen sich 174 Logen aller früheren Großlogen zur „Vereinigte Großloge der Freimaurer von Deutschland“ (Singular) zusammen. Heute heißt diese Großloge „Großloge der Alten Freien und Angenommenen Maurer von Deutschland (GL AFuAMvD)“. Die GLL FvD und die GNML knüpften direkt an ihre früheren Traditionen wieder an.  

Am 27. April 1958 entstand mit der Gründung der „Vereinigten Großlogen von Deutschland (VGLvD)“ (Plural) ein Gebilde, das man in der Geschichte der Freimaurerei als einzigartig bezeichnen kann: die erst zwei (1958 – GL AFuAMvD und GLL FvD), dann drei (GNML), dann fünf (1970 – plus American Canadian Grand Lodge und Grand Lodge of British Freemasonry) vertragschließenden Großlogen verzichten seitdem auf zwei Souveränitätsrechte, die sie seit dem den VGLvD übertragen haben.  

Zum einen ist das die Vertretung aller deutschen Freimaurer gegenüber ausländischen, freimaurerischen Organisationen. Weiter vertritt die VGLvD seitdem die deutsche Freimaurerei gegenüber der profanen Welt. Damit meint der Freimaurer die Alltagswelt vor der Logentür. Im Jahr 1970 traten der VGLvD auch die Große National-Mutterloge „Zu den drei Weltkugeln“, sowie die Provinziallogen der britischen und der amerikanisch-kanadischen Freimaurer als eigene Großlogen bei.  

Schnell erhielten die „Vereinigten Großlogen von Deutschland“ die Anerkennung vieler regulärer, ausländischer Großlogen. Bis heute besteht ein wechselseitiges Anerkennungsverhältnis mit fast 200 regulären Großlogen auf der ganzen Welt.  

Nach dem Fall des Eisernen Vorhangs 1989 unterstützte die VGLvD entscheidend den Aufbau der Freimaurerei in Osteuropa. So konnte 1997 die heutige „Vereinigte Großloge von Bulgarien“ federführend durch die VGLvD eingesetzt werden. Im Jahre 2002 hatte sie maßgeblichen Anteil an der Gründung der „Großloge AFuAM von Litauen“. Ebenfalls konnte die „Großloge von Lettland“ im Jahr 2003 durch die VGLvD eingesetzt werden.  

Mitgliedsgroßlogen der VGLvD beteiligten sich auch an Neugründungen in Litauen und Serbien. Gemeinsam mit der „Großloge von Österreich (GLvÖ)“, dem Großorient von Italien und der „Großloge von Serbien“ gelang es, in Montenegro eine Großloge aufzubauen. Ebenfalls mit der „Großloge von Österreich“, sowie der damaligen Großloge der Tschechischen Republik, konnte auch eine Großloge in der Slowakei gegründet werden. Zuletzt konnte im Jahr 2010, gemeinsam mit der United Grand Lodge of England (UGLE) und der Grand Loge Nationale Française (GLNF), die reguläre Großloge von Monaco gegründet werden.